水仙的主要病害有大褐斑病、木霉球干腐病、花叶病、根腐病等。以大褐斑病、木霉球干腐病和花叶病为害较重。
1.大褐斑病
（1）症状特征：主要为害叶片，有时花茎也会受到侵染。病斑发生在叶片中部及边缘。严重时，病斑布满叶片。病斑初始褐色小点，后变为纺锤状红褐大斑。病斑周边有晕圈，最后病斑相连一片，全叶干枯，植株死亡。
（2）防治方法：花田栽种要筑高畦，以利排水，增施钾肥，促植株健壮，提高抗病能力。选用无病种球，并用65％代森锌300倍液浸泡种球15分钟，晾干后栽植。水仙萌芽开始，喷施75％百菌清600倍液或65％代森锌500倍液。交替喷施，5～7天1次，连续4次。
2.木霉球干腐病
（1）症状特征：木霉和青霉、绿霉一样存在于我们周围的空气或土壤中。在水仙泡水及空气湿度变大的条件下，病菌可由伤口侵入，形成暗褐色斑，有时生出白色霉层，后霉层变为黄绿色至深绿色，病部最后腐烂。
（2）防治方法：购买时选饱满、无病虫、无伤口的鳞茎水养。精心养护，防止各种伤口的产生。如鳞茎染病严重，应及早汰除。种球消毒用40％福尔马林120倍液浸种30分钟或50％多菌灵可湿性粉剂500倍液、25％施保克乳油500倍液浸泡1分钟。可在种植前处理，也可发现病斑后处理。
3.花叶病
（1）症状特征：生长初期，无明显症状或产生轻微的绿色斑病，随病情发展，有明显的花叶症状，严重时叶片扭曲，黄化、植株明显矮小。
（2）防治方法
①建立无病毒母球基地，采取先进的田间卫生措施。
②采用热处理与茎顶组织培养相结合的脱毒措施。
4.灰球蝇
（1）为害特征：幼虫入球根，被害植株叶片发红，球茎肥大，带有臭味。同时，引起腐烂，严重影响花株生长和开花。
（2）防治方法：发现被害根，及时挖出烧毁。成虫羽化期，避免施用鸡粪等有机肥料。